CPK是一款开源免费,可以进行量子化学计算和周期性体系计算的软件包。CPK支持包括分子力学,半经验方法,HF,DFT和后HF在内的多种计算方法,功能较为全面和多样。老版本的CPK安装较为麻烦,学习曲线较为陡峭,阻碍了其进一步推广。随着CPK版本的更新,其安装逐渐简化,安装方式也逐渐多样化。本文尝试对CPK的几种在线安装方法进行阐述,离线安装以后再介绍。
对ubuntu,debian,deepin等debian系系统:
sudo apt-get install cpk
对conda用户(需提前安装Anaconda或者Miniconda):
conda install -c conda-forge cpk
打开https://github.com/cpk/cpk/releases
根据自己的需要,下载之并上传到服务器。
chmod u+x cpk-.-Linux-x_.sopt
赋予其运行权限,将文件所在目录加入环境变量即可运行。此时为串行版本。
最新版 cpk可以从官网下载,我们默认读者已经安装了git,或者在网页上选择Clone or download
下载ZIP
压缩包。
git clone --recursive https://github.com/cpk/cpk.git cpk
本教程安装的是cpk.。
打开https://github.com/cpk/cpk/releases
下载cpk-..tar.bz
由于本人安装环境系统为ubuntu .,默认python版本为python.,可以直接使用。
对于新版的ubuntu,由于python命令默认进入的是python,故需要将其改为python,可通过安装Anaconda配置Python环境,具体过程本文不详细叙述。
sudo apt-get install libxc libxc-dev libint-dev libint libelpa-dev libopenblas-base libopenblas-dev libfftw- libfftw-bin libfftw-dev libfftw-mpi openmpi-bin gcc gfortran g++
解压 tar jxvf cpk-..tar.bz
进入相应目录
cd cpk-.
cd tools
cd toolchain
运行安装脚本帮助
即可查看安装选项帮助。
./install_cpk_toolchain.sh --help
其中-j
选项默认使用全部核心进行编译
--with-PKG
选项决定哪些库,--with-PKG=install
为下载安装对应库,--with-PKG=system
使用系统中的对应库。
简单安装可以使用
./install_cpk_toolchain.sh
对于intel cpu使用
./install_cpk_toolchain.sh -j --with-cmake=install --with-libsmm=install --with-libxsmm=install --with-elpa=install
这个过程很漫长,需要耐心等待。
假设用户为customer,执行
cp /home/customer/cpk-../tools/toolchain/install/arch/* /home/customer/cpk-../arch/
source /home/customer/cpk-../tools/toolchain/install/setup
cd /home/customer/cpk-../makefiles/
make -j ARCH=local VERSION="sopt sdbg ssmp popt pdbg psmp"
再等待一段时间即安装完成。
cd
即可看见所编译出来的cpk的不同版本。
/home/customer/cpk-../exe/local/
至此,CPK软件编译安装完成,赋予运行权限即可运行程序。
https://zhuanlan.zhihu.com/cpk-tutorial CPK开发者写的中文教程
http://avogadro.cc/ 建模软件
http://cpk-www.
epcc.ed.ac.uk/cpk-input-editor/#/ cpk在线输入文件生成器
https://www.cpk.org/tools 官方提供的相关工具
https://github.com/avishart/CPK_Editor python编写的cpk输入文件生成器