养殖水域是水产动物的活动场所。在池塘养殖中，每个养殖动物所拥有的活动场所的大小，取决于水域的面积、水深及放养密度、种类和规格。
俗话说“宽水养大鱼”即明确地表明了水体空间的太小，可以限制其生长和发育，体质也变弱，为病原体也有活动的空间，病原体活动空间小，即会增加其感染的机会，对动物的感染强度愈高，疾病的病情就愈严重。
例如，在培育鱼种时，若不能及时分塘，造成鱼种生长迟缓，就可能发生“白头白嘴病”，如果分塘及时，病情即可缓解或停止；又如鱼苗侧殖吸虫病大多发生在小型的鱼苗培养池，大池很少发生此病。
空间因此实际上也与养殖水域面积的大小和水位的深浅有关。尽管在大水面与小水面放养的平均密度一致的情况下，由于大水面较小水面承受或抗衡的自然因素或人为因素的能力强，从而直接或间接有利于养殖动物的健康。如水面大的池塘，其光照面积和光照时间较小水面充分，有利于各类生物的基本能量来源。气温骤变对水温的影响，小水体的抗衡力较弱；风和雨的作用，大水体的承受力的抗衡力较强；而对城镇工业废水、生活污水或养殖水体自身污染的自净能力，大水体明显强于小水体。
由此可见，从空间角度考虑，水产动物养殖在通常情况下，大水面要优于小水面。然而，对养殖渔业来说，并非水面愈大、水体愈深、养殖动物拥有的空间愈大、愈好。因为，过大的水域不利于饲养管理，尤其不利于实施疾病的防治和采取控制措施，更何况并不符合高产的目的。因此，不同养殖阶段选择不同大小的水面、不同的水深和不同的放养密度，以利于水产动物园健康成长。
近年来迅速发展起来的网箱养鱼、湖泊围圈养殖、工厂化养殖等集约化、集约化养殖形式以及内循环水养殖，其单位水体积内的养殖动物密度数倍、甚至于数十倍于池塘养殖。其基础是建立于合适的流水条件或良好的水质交换条件，实际上不断的水流动和波动，不断与养殖区内进行水质交换，因此，其空间的范围大于网箱和围圈面积。工业化养殖、内循环水养殖则基本上属于流水养殖的范畴，养殖对象所拥有的空间则取决于水流的速度。
水是水产动物存的根本条件。但是，恶化的水质不仅有害于动物机体的健康，而且还危及它们的生命。因此，水产动物养殖，确保优良的水质具有举足轻重的意义。众所周知水是一种优良的溶剂和悬浮剂，它们可溶解各种气体，如氧气、二氧化碳、氨和硫化氢等，也可溶解各种盐类，如亚硝酸盐、磷酸盐、碳酸盐、硫酸盐浮剂，则可悬浮尘埃、有机碎悄、细菌、藻类、小型的原生动物以及各种虫卵等。
水体中溶解和悬浮的种类分为有形或无形的物质和养分，其中一部分对水产动物的生长、发育是必需的，有一些是无益的，而另一部分则是有害的，或者在较多时有害，同样，它们对水体中的其他生物，包括有利和不利的方面，特别是某些养分对养殖动物生长和健康不利，而对一些病原体，如病原菌、寄生原生动物的繁殖、滋生以及产生毒力等是必需的，就容易导致疾病的发生。
养殖水体中，其水质不仅受自然因素的影响，人为因素和生物因素的影响尤其强烈。如施肥、投饵、洗刷、施药、排水和灌水，养殖动物的粪便、分泌物和多种水生生物的繁殖、生长和残废等等，均可使水质发生变化，有时甚至是急剧的。
水质向良好方面变化，自然有利于动物机体的健康，如老水的排放，新水的灌注，消毒剂或环境改良药的施放等。
水质向恶化方面变化，则将对动物机体健康不利，如缺氧，有机物含量过高，氨、氮过高等等。因此，养殖业者必须重视水质的改良。
池塘和湖泊中的底质包括与水接触的土壤和淤泥两部分。工厂化养殖中的底质则有人工铺设的沙砾、有机碎屑的沉积物等。从近年来国内水产动物疾病严重发生的原因分析，莫不与长期不清理淤泥或铺设的沙砾有关。
池塘、湖泊中的淤泥是由生物尸体、残剩饵料、粪便、有机碎屑以及各种无机盐、粘土等组成。因此，淤泥中含有大量的营养物质，包括有机质、氮、磷、钾、钙等。它们通过细菌的分解和离子交换作用，源源不断地向水中溶解和释放，为饵料生物的繁殖提供养分，或为养殖动物补充营养。淤泥中存在的胶体物质又能吸附大量的有机物质和无机盐，使施肥后的水不致变得过肥，而当水中营养物质降低时，又可通过分解释放到水中。因此，适量的淤泥具有保肥、供肥、调节水质的功能，有利于动物的养殖。
然而，淤泥中的营养物质又是病原菌的培养基，淤泥又常成为寄生虫抗拒不利环境的避难所。有机物质的发酵、分解需要消耗溶解氧和产生二氧化碳、沼气、有机酸及氨、氮等有害物质。大量的淤泥其有害影响超过有利影响，就会危及到动物机体的健康，威胁他们的生命。
科学研究表明，环境中的胁迫因子会影响水产动物的免疫力的抗病力。实践证明，常年容易发生疾病的池塘，经过清淤后，发病率即可明显下降。
